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    门静脉血栓形成的临床表现多不典型，其症状与血栓累及范围、发生速度、侧支形成状况等有关，体检时腹部阳性体征少，易被误诊为溃疡病、肠炎、胰腺炎等。当出现血便、肠梗阻、肠坏死及腹膜炎等症状时，则预后多较差。故早期做出正确诊断十分重要。
    实验室检查：门静脉血栓形成的实验室检查可无特殊改变或轻到中度转氨酶、碱性磷酸酶及胆红素升高、白蛋白下降、白/球蛋白比例降低等。原有肝病的患者肝功能改变更甚。慢性门静脉血栓形成伴发门静脉高压、脾大病人可三系降低。原发性门静脉血栓形成患者可有抗凝血酶Ⅲ因子、蛋白C、蛋白S缺乏等。
    超声多普勒检查：能实时显示门静脉血栓的部位和门静脉血流方向，其诊断门静脉血栓形成的敏感性和特异性分别达94%～100%和90%～96%。新鲜血栓在超声下为门静脉管腔内及附着管壁团块状低回声，阻塞近端门静脉内径常增宽。陈旧性血栓回声高低不均，还可发现脾肿大、腹水等。
    CT检查显示：CT平扫检查呈低密度，与血液难鉴别，增强扫描时门静脉期为低密度充盈缺损，易被检出，门静脉近端管腔扩张，周围可有代偿侧支形成。慢性血栓则门静脉常呈海绵样变性。多层螺旋CT血管造影可快速重建图像，有三维显示门脉系统并且空间分辨率等优点。
    核磁共振成像检查：MRA尤其是3DMRA 较超声波和CT能更直观地显示门静脉系统解剖和通畅情况、侧支血管分布以及血流方向和血流量的数据，诊断准确率可与DSA相媲美。血栓T1WI呈等信号,而T2WI则为稍高的信号，增强后信号无改变。
    血管造影（DSA）：直接或间接门静脉造影显示门静脉显影延迟出现或不显影、血管内充盈缺损，门静脉主干周围侧支血管及胃底-食道曲张静脉等。